7月3日,Nature子刊《Nature Genetics》在線發(fā)表了一篇針對一種惡性兒童血液腫瘤——T型急性淋巴細(xì)胞白血病(T-ALL)進(jìn)行的首個(gè)**規(guī)模的基因組測序成果。本文威正翔禹/締一生物為您分析超級基因圖譜。
來自于美國圣猶大兒童醫(yī)院和兒童腫瘤研究組等研究機(jī)構(gòu)的科學(xué)家們對數(shù)百名T-ALL患者進(jìn)行基因組測序,對結(jié)果進(jìn)行一系列復(fù)雜分析后構(gòu)建了前所未有的基因圖譜。
這一圖譜為T型急性淋巴細(xì)胞白血病提供更多的治療信息,挖掘了很多之前從未被發(fā)現(xiàn)的突變基因,有助于動(dòng)物模型的而構(gòu)建、新藥的研發(fā)以及新致病機(jī)理的解析。
研究由圣猶大兒童醫(yī)院病理學(xué)教授Charles Mullighan、兒童醫(yī)院計(jì)算生物學(xué)部門主管Jinghui Zhang、費(fèi)城兒童醫(yī)院的Stephen Hunger帶領(lǐng)完成。
T型急性淋巴細(xì)胞白血病
急性淋巴細(xì)胞白血病是最常見的兒童癌癥,約90%的ALL兒童患者能夠治愈,但是卻存在復(fù)發(fā)的概率。其中,T-ALL占據(jù)15%的比例,免疫系統(tǒng)中的T細(xì)胞會因?yàn)槎喾N突變而失去成熟及行使功能的能力。突變后的T細(xì)胞會在身體內(nèi)累積,取代正常細(xì)胞。
通常,Notch信號通路、T細(xì)胞轉(zhuǎn)錄因子以及INK4/ARF腫瘤抑制基因是T-ALL的重要標(biāo)記物,但是關(guān)于T-ALL的大規(guī)模基因組測序工作卻從未被進(jìn)行過。
構(gòu)建基因圖譜,挖掘到106個(gè)驅(qū)動(dòng)基因
研究團(tuán)隊(duì)招募了264名兒童及年輕患者,對他們進(jìn)行了基因組測試。文章一作、Jinghui Zhang課題組的博士后Yu Liu進(jìn)行了多種基因組數(shù)據(jù)的復(fù)雜分析。他們共篩選到106個(gè)致病基因——這些基因突變會導(dǎo)致T細(xì)胞功能障礙,導(dǎo)致癌癥。其中,有一半突變基因是最新發(fā)現(xiàn)與T-ALL有關(guān)聯(lián)的。
研究人員分析了癌變的T細(xì)胞,并與那些因?yàn)橹委煻S持正常狀態(tài)的T細(xì)胞進(jìn)行比較,從而為特定的治療成功阻止特定致癌突變的機(jī)理提供有價(jià)值的線索。
癌癥由突變基因驅(qū)動(dòng),這些基因表達(dá)的蛋白/酶參與重要信號通路。雖然癌癥很有可能由最初的基因突變引發(fā),但是這個(gè)突變位點(diǎn)會引發(fā)一系列其他突變,加劇癌癥的發(fā)生和發(fā)展。新的基因組分析證實(shí),T-ALL由已知信號通路中的突變驅(qū)動(dòng),包括JAK-STAT、Ras 和PTEN-PI3K。除了這些驅(qū)動(dòng)突變之外,已知通路中存在更多導(dǎo)致病變的基因突變。
“這是首個(gè)全面、系統(tǒng)的大樣本分析,揭示了很多具有生物學(xué)意義、有望成為藥物靶點(diǎn)的新突變,具有很大的臨床意義。” Mullighan表示,“白血病通常由多個(gè)基因突變導(dǎo)致。大多數(shù)之前的研究并沒有獲得足夠多的基因組數(shù)據(jù),用于篩選基因突變并尋找它們之間的關(guān)聯(lián)性。現(xiàn)在我們挖掘到很多之前未被發(fā)現(xiàn)的突變位點(diǎn)。”
參考資料:First large-scale genomic analysis of key acute leukemia will likely yield new therapies
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