研究人員提出CRISPR是致命細菌中低遺傳多樣性的影響因素

俄勒岡州立大學的科學家已經闡明了土壤中細菌的進化歷史，這種細菌對放牧動物非常危險，它被鎖在鑰匙上，以防止其蔓延。

在此過程中，Rathayibacter toxicus失去了大約三分之一的基因。然而，盡管它的基因組減少和遺傳多樣性低，它仍然存在。在一項新研究中，研究人員提出了一個強調細菌對病毒感染反應重要性的過程。該過程的中心是聚集的規則間隔短回文重復(CRISPR)基因座。

美國政府宣布R. toxicus是毒素的生物選擇劑，標本在高度安全的聯邦設施處理。俄勒岡州沒有細菌種類的證據，但是由于將蠕蟲運輸到植物中的蠕蟲在該州被發現，因此擔憂很高。此外，蠕蟲和細菌都會感染草種子。2017年，干草和草籽是俄勒岡州第三大和第五大農產品，總價值超過10億美元。

“檢測和預先防止R. toxicus運動的能力至關重要，”俄勒岡州立大學農業科學學院的微生物基因組學家Jeff Chang說道，該研究的通訊作者。“看到受感染的草是一回事，在看到它們的影響之前檢測微生物是另一回事。通過基因組啟動的流行病學，我們可以追蹤特定細菌譜系的運動并試圖阻止它們四處移動。”

CRISPR用于基因組編輯技術，但因其生態作用而聞名。在這項研究中，科學家們依靠全基因組測序來了解不同種類的Rathayibacter是如何相關的以及它們是如何進化的。

“現在我們對整個基因組進行了測序并對其進行了解，我們可以確定可用于分子診斷的特定序列。這可能是一種強有力的方法，可以大量調查種子批次，以確定是否存在R. toxicus，”Chang說。 。

在這項研究中，研究人員使用從澳大利亞三個地區30年采樣期間收集的R. toxicus中提取的DNA。他們的分析還包括從俄勒岡州生產的種子收集的菌株。來自俄勒岡州的種子樣本中沒有檢測到R. toxicus，并且在俄勒岡州發現的兩種優勢種Rathayibacter缺乏制造在澳大利亞影響放牧動物的毒素所必需的基因。

分析了超過100個測序的Rathayibacter基因組。R. toxicus是遺傳方面最遙遠，而這可能是因為它是已經獲得了CRISPR適應性免疫系統，以防止病毒的**Rathayibacter，艾德-戴維斯，俄勒岡州立大學的博士研究生和研究的共同主要作者之一說。

“在它的進化過程中，它不僅失去了基因，而且還獲得了基因，包括CRISPR基因座，”戴維斯說。“它獲得了其他Rathayibacter細菌所沒有的基因。它的基因組是正常的，除了一些切片被移除。這表明這個物種在它的進化中經歷了一個戲劇性的事件。”