女性膀胱中存在著大量的噬菌體

身體內(nèi)存在的病毒能夠影響微生物組（microbiome）的結(jié)構(gòu)和行為，但是迄今為止，科學(xué)家們對生活在身體許多區(qū)域中的噬菌體---感染細(xì)菌的病毒---知之甚少。如今，在一項新的研究中，研究人員證實整合到細(xì)菌基因組中的噬菌體要比人類膀胱中的細(xì)菌本身更加豐富。相關(guān)研究結(jié)果發(fā)表在2018年4月的Journal of Bacteriology期刊上，論文標(biāo)題為“Bacteriophages of the Urinary Microbiome”。

當(dāng)這項研究開始時，美國洛約拉大學(xué)計算生物學(xué)家Catherine Putonti當(dāng)時正在幫助洛約拉大學(xué)醫(yī)學(xué)中心的同事們理解從181名存在和不存在泌尿問題的女性患者的膀胱中收集的細(xì)菌的測序數(shù)據(jù)。她注意到那里存在“大量病毒”。盡管膀胱中存在細(xì)菌，但是細(xì)菌的數(shù)量并不多，因此按照常規(guī)的觀點，膀胱中不可能存在著如此多的病毒。然而，實際情形剛好相反，于是，Putonti和她的團(tuán)隊決定更加深入地研究這些病毒序列。

這些研究人員在他們研究的將近200種細(xì)菌基因組中發(fā)現(xiàn)450多種潛在的噬菌體序列存在于絕大多數(shù)的細(xì)菌基因組中。一半以上的這些病毒序列并未在任何數(shù)據(jù)庫中找到，這提示著它們可能是泌尿道特有的噬菌體。

這些研究發(fā)現(xiàn)了來自不同女性的噬菌體存在序列相似性，這提示著不同女性的膀胱中可能存在一組相同的噬菌體。他們還觀察到存在和不存在泌尿問題（包括膀胱過度活動癥、小便失禁、膀胱疼痛和尿路感染）的女性樣本之間的噬菌體群體存在著一些變化。

為了確定他們檢測到的噬菌體序列是否是完整的和能否感染細(xì)菌，Putonti團(tuán)隊從膀胱中的大腸桿菌菌株內(nèi)分離出一種新的噬菌體。他們捕獲到這種純化的噬菌體的電子顯微圖，并測試它是否能夠裂解體外培養(yǎng)中的細(xì)菌。雖然病毒最初被整合到這種細(xì)菌宿主的基因組中，但它能殺死其他的細(xì)菌，這就表明它確實是一種功能性的噬菌體。

不過，添加一種培養(yǎng)步驟可能會導(dǎo)致一些噬菌體丟失，這是因為一些細(xì)菌在體外是很難培養(yǎng)的。有鑒于此，這項研究很可能丟失了整合到這些很難培養(yǎng)的細(xì)菌基因組中的噬菌體。

Putonti團(tuán)隊已開始研究從膀胱中的細(xì)菌里分離出的更多噬菌體，并且與臨床醫(yī)生合作確定這些病毒是否在尿路疾病中發(fā)揮作用。